في مايو 2002، تم إنشاء جهاز الأمن الوطني بموجب المرسوم الملكي رقم 14 لسنة 2002، حيث حل محل قطاع أمن الدولة والذي كان تابعاً لوزارة الداخلية. أصبحت مسؤوليات ومهام الجهاز تتداخل مع مسؤوليات هيئات ووزارات أخرى بل وتفوقها. منذ تأسيس جهاز الأمن الوطني، أصبح المسؤول عن مراقبة النشطاء واعتقالهم وتعريضهم للتعذيب وسوء المعاملة، وهو ما وثقته العديد من المنظمات المحلية والدولية، كما قامت بإدانته ودعت الحكومة لوضع حد للانتهاكات التي يرتكبها الجهاز.
ولكن بدلاً من اتخاذ الإجراءات الضرورية لإيقاف هذه الانتهاكات، قامت حكومة البحرين في عام 2008، بإصدار تعديل على مرسوم 2002، منحت بموجبه الجهاز صلاحيات أكبر منها جعل “أعضاء جهاز الأمن الوطني في حكم ضباط وضباط صف وأفراد قوات الأمن العام” ومنح الشؤون القانونية في الجهاز سلطات قوات الأمن العام” وأعطت “لضباط وضباط صف وأفراد جهاز الوطني صفة الضبط القضائي بالنسبة للجرائم الداخلية في اختصاص جهاز الأمن الوطني.” وقد نتج عن ذلك، ارتكاب جهاز الأمن الوطني انتهاكات أكبر لحقوق الإنسان، خاصة بحق النشطاء.
في عام 2011، وبعد قمع السلطات البحرينية للحركة المؤيدة للديمقراطية والمطالبة بالحقوق، وارتكاب السلطات الأمنية – أهمها جهاز الأمن الوطني – انتهاكات جسيمة، تم انشاء اللجنة البحرينية لتقصي الحقائق والتي خلصت إلى قيام الجهاز بالاعتقال التعسفي والغير قانوني للعديد من المتظاهرين ومن بينهم نشطاء من مجموعة البحرين 13 ونواب سابقين، ووجدت أن الجهاز مسؤول عن تعريض العديد من المعتقلين للتعذيب أو الإساءة. وبناء على ذلك وضعت اللجنة توصية تنص على “تعديل المرسوم الخاص بتأسيس جهاز الأمن الوطني لإبقائه جهازاً معنياً بجمع المعلومات الاستخبارية دون إنفاذ القانون أو التوقيف. ويتعين أن يكون لجهاز الأمن الوطني مكتب مفتش عام مُستقل يقوم بنفس مهام مكتب الشكاوى المبين أعلاه بوزارة الداخلية. كما يجب إقرار تشريع ينص على سريان أحكام قانون الإجراءات الجنائية عند توقيف الأشخاص حتى أثناء سريان حالة السلامة الوطنية.”
في 31 نوفمبر 2011، أصدر ملك البحرين مرسوم ملكي رقم 115 لسنة 2011 بتعديلات على مرسوم إنشاء جهاز الأمن الوطني رقم 14 لسنة 2002، والذي قام بسحب صلاحيات الجهاز في إنفاذ القانون، وجعله جهازاً معنياً فقط بجمع المعلومات الاستخباراتية. فقد نص المرسوم على أن:
“يختص جهاز الأمن الوطني بجمع المعلومات ورصد وكشف كافة الأنشطة الضارة المتعلقة بالتجسس والتخابر والإرهاب، وذلك للحفاظ على الأمن الوطني للمملكة ومؤسساتها ونظمها”
“يحيل جهاز الأمن الوطني الحالات التي تستدعي القبض أو التوقيف إلى وزارة الداخلية لاتخاذ الإجراءات القانونية بشأنها.”
اليوم، تشير العديد من المعلومات إلى المسؤولية المباشرة لجهاز الأمن الوطني في الإجراءات القمعية التي طبقتها السلطات البحرينية مؤخراً. أكدت العديد من المصادر أن قرارات حظر سفر النشطاء، قد صدرت بالفعل من قبل جهاز الأمن الوطني، ذلك بالإضافة إلى قراري سحب جنسية الشيخ عيسى قاسم ووقف نشاط الوفاق. تثير هذه المعلومات مخاوف من أن جهاز الأمن الوطني يعمل عملياً في دوره السابق في استهداف النشطاء والمدافعين عن حقوق الإنسان وملاحقتهم بطرق عادة ما تكون غير قانونية والتي كانت دائماً موضع إدانة دولية واسعة.